Gdy organista naciska klawisze, powietrze dostarczane do organów piszczałkowych najczęściej za pomocą elektrycznego wentylatora, a rozdzielane w tzw. wiatrownicy, wdmuchiwane jest do piszczałek. Każda z nich wydaje inny dźwięk, w zależności m.in. od grubości, kształtu i długości. Wciśnięcie konkretnego klawisza w stole gry otwiera zawór, a powietrze dostaje się do odpowiednich piszczałek. Wlatuje do wyciętych w nich otworów i odpowiednio ukierunkowane rozbija się o tzw. górną wargę. To zaś powoduje drganie słupa powietrza znajdującego się w rurze, która wreszcie wydaje dźwięk.
Rekordowy instrument
Największe organy piszczałkowe świata znajdują się w Atlantic City Convention Hall w New Jersey (USA). Instrument powstawał w latach 1929-32 i znalazł się w Księdze Rekordów Guinnessa. Składa się z ponad 32 tysięcy piszczałek, waży około 150 ton. Powietrze do instrumentu dostarcza siedem elektrycznych wentylatorów – w sumie -600 KM.
Pierwsze dźwięki
Organy wywodzą się prawdopodobnie od tak prostych instrumentów jak dudy, czy fletnia Pana. Dawnym muzykom przestały w końcu wystarczać te prymitywne instrumenty, chcieli też znaleźć sposób by ludzkie zadęcie zastąpić jakimiś urządzeniami sprężającymi powietrze, które także rozdzielałyby je i doprowadzały do poszczególnych piszczałek. Organy piszczałkowe takie, jakie znamy dziś powstały już w III w.p.n.e za sprawą aleksandryjskiego matematya Ktesibiosa. Dawniej nazywano je wodnymi, bo ciśnienie powietrza w instrumencie było regulowane wodą.