Ta szokująco wczesna data stała się ”bohaterką” badania opublikowanego na medRxiv, serwisie gromadzącym prace naukowe czekające na proces oceny wzajemnej (ang. peer review) i ewentualną publikację. Już sam ten fakt każe informacje zawarte w analizie hiszpańskich naukowców traktować z domieszką wątpliwości.
Co ustalono w laboratorium w Barcelonie? Wcześniejsze doświadczenia potwierdziły, że ludzki kał jest środkiem transmisji wirusa SARS-CoV-2. Patogen przechodzi przez nasz układ pokarmowy i trafia do kanalizacji. Jeszcze w trakcie podróży przez nasze ciało traci swoją membranę ochronną, ale jego materiał genetyczny, RNA, trafia do ścieku.
Nie da się nim zarazić, ale jego obecność resztek wirusa w kanałach jest fantastycznym wskaźnikiem epidemiologicznym. Dlatego wiele państw monitorując ścieki chce wyłapać możliwie wcześnie drugą, jesienną falę zachorowań na COVID-19 – o czym już pisaliśmy na Focus.pl. Hiszpanie poddali analizie próbki od stycznia 2018 do grudnia 2019 w nadziei na znalezienie dokładnej daty, kiedy SARS-CoV-2 zawitał do Barecelony.
Wszystko wskazuje, że wirus infekował w mieście już od 15 stycznia 2020 roku. Już to jest dość ciekawe, bo to aż 41 dni przed pierwszą oficjalnie zgłoszoną chorą osobą (25 lutego 2020). Wszystkie wcześniejsze próbki dały wynik negatywny. Tylko jedna, z 12 marca 2019, wskazał obecność RNA wirusa. Każdą próbkę poddano badaniu techniką ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR).
– Testy typu PCR to obecnie standardowa metoda wykrywania infekcji SARS-CoV-2 u ludzi. W tym celu pobiera się próbkę śliny i wymaz z nosa. Miarodajne wyniki obecności wirusa uzyskuje się też badając zamrożoną wodę z kanalizacji. Jeden łańcuch RNA konwertuje się w podwójną helisę DNA – czytamy na The Conversation, gdzie swoją ocenę hiszpańskiego badania przedstawiła wirusolożka Claire Crossan z Caledonian University w Glasgow.
Otrzymany tą metodą kwas deoksyrybonukleinowy (DNA) podlega amplifikacji (zwiększa się jego ilość) w szeregu cykli, by później w zamkniętym naczyniu dokonać detekcji powstałego produktu metodą fluorescencji. Dla pewności szuka się więcej niż jednego genu. W przypadku z Barcelony testy prowadzono na obecność trzech.
W jednym przypadku, gdy szukano dwóch fragmentów genu RdRp, pozytywny wynik pojawił się dopiero w 39. cyklu amplifikacji. Co bardzo ważne, przypomina Crossan, testy PCR z każdym kolejnym cyklem stają się mniej ”konkretne”. Zazwyczaj genetycy dochodzą do 40-45 cykli zanim rezygnują. Czy w badaniu faktycznie wykryto wirusa?
Możliwość 1: poziom wirusa w ścieku był wyjątkowo niski. Możliwość 2 (mało prawdopodobna): doszło do skażenia próbki w laboratorium. Możliwość 3: w próbce znalazło się inne RNA czy DNA tak mocno przypominające poszukiwane fragmenty genu, że w owym 39. cyklu amplifikacji pojawił się wynik dodatni.
Dalsze testy będą niezbędne do otrzymania ostatecznego wyniku – czy SARS-CoV-2 był w Barcelonie rok przed pandemią, czy nie. Nie obejdzie się bez pomocy kilku innych, niezależnych laboratoriów. O tym, czy faktycznie mamy do czynienia z przełomowym odkryciem świadczy (negatywnie) brak zgłoszeń od hiszpańskiej służby zdrowia o przyroście zachorowań (w marcu-kwietniu 2019 roku) na choroby układu oddechowego.